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Primo nucleo dei Musei Vaticani fu la raccolta di sculture formata da Giulio II (1503-1513) ed esposta nel cosiddetto "Cortile delle Statue ", oggi Cortile Ottagono. I papi furono tra i primi sovrani che misero a disposizione della cultura e del pubblico le raccolte d'arte del loro palazzo. Nella loro forma di raccolte artistiche ordinate in appositi edifici accessibili al pubblico, i Musei e le Gallerie Pontificie hanno origine da Clemente XIV (1769-1774) e Pio VI (1775-1799) e perciò la parte allestita sotto questi due papi prese il nome di Museo Pio-Clementino. Pio VII (1800-1823) ampliò notevolmente le raccolte di Antichità Classiche, aggiungendovi il Museo Chiaramonti e il Braccio Nuovo e arricchì notevolmente la Raccolta Epigrafica ospitata nella Galleria Lapidaria.

Gregorio XVI (1831-1846) fondò il Museo Etrusco (1837) con i reperti provenienti dagli scavi dell'Etruria meridionale eseguiti dal 1828 in poi, il Museo Egizio (1839) con i monumenti egiziani provenienti da esplorazioni fatte in Egitto e con quelli che si trovavano già in Vaticano e nel Museo Capitolino, il Museo Profano Lateranense (1844), con statue, bassorilievi, mosaici di età romana che non potevano trovar posto nei Palazzi Vaticani. Al Museo Profano Lateranense, Pio IX (1846-1878) aggiunse nel 1854 il Museo Cristiano, comprendente sculture cristiane antiche, specialmente sarcofagi, e iscrizioni. Sotto il pontificato di San Pio X (1903-1914), nel 1910, venne aggiunto il Lapidario Ebraico: una sezione contenente 137 iscrizioni di antichi cimiteri ebraici di Roma, in gran parte del cimitero sulla via Portuense, donate dai proprietari del fondo, marchesi Pellegrini-Quarantotti. Queste ultime raccolte (Museo Gregoriano Profano, Museo Pio Cristiano e Lapidario Ebraico) sono state trasportate, per volere di Giovanni XXIII (1958-1963), dal Palazzo Lateranense ad un nuovo edificio appositamente eretto in Vaticano; nel 1970 sono state riaperte al pubblico.

Fanno parte inoltre dei Musei: la Galleria degli Arazzi, con una raccolta di arazzi di diverse manifatture dei sec. XVI e XVII; la Galleria delle Carte Geografiche, decorata da Gregorio XIII (1572-1585) e restaurata da Urbano VIII (1623-1644); le sale Sobieski e dell'Immacolata Concezione; le Stanze e la loggia di Raffaello, fatte decorare da Giulio II e Leone X (1513-1521); la Cappella del Beato Angelico, dipinta sotto il pontificato di Nicolò V (1447-1455); la Cappella Sistina, che prende il nome dal suo fondatore Sisto IV (1471-1484); l'Appartamento Borgia, già abitazione di Alessandro VI (1492-1503); la Pinacoteca Vaticana, collocata da Pio XI (1922-1932) nel 1932 in un apposito edificio presso il nuovo ingresso dei Musei; il Museo Missionario-Etnologico fondato da Pio XI nel 1926, ordinato nei piani superiori del Palazzo Lateranense, e successivamente trasportato anch'esso, per volere di Giovanni XXIII, in Vaticano, dove è stato riaperto al pubblico nello stesso edificio che accoglie le collezioni ex-Lateranensi. Nel 1973 fu aggiunta la Collezione di Arte Religiosa Moderna e Contemporanea, inaugurata da Paolo VI (1963-1978) nell'Appartamento Borgia. Il Museo Storico, fondato anch'esso nel 1973, trasferito nel 1987 nell'Appartamento Papale del Palazzo Lateranense, raccoglie una serie iconografica dei Papi, nonché cimeli dei Corpi Militari Pontifici e della Cappella e Famiglia Pontificia, anche per le cariche ora soppresse; infine, una documentazione del cerimoniale non più in uso. In Vaticano è rimasta la sezione delle carrozze e automobili papali. Dall'inizio del 2000 i Musei Vaticani accolgono i visitatori con un nuovo spazioso ingresso dove trovano posto i servizi di accoglienza, arricchito da diverse opere d'arte due delle quali realizzate appositamente.

Il nuovo ingresso per il Giubileo del 2000