S. Anacleto
S. Alejandro I
S. Telésforo
S. Pío I
S. Sotero
S. Víctor I
S. Calixto I
S. Ponciano
S. Fabián
S. Lucio I
S. Sixto II
S. Félix I

La serie de los Pontífices se deslizaba a lo largo de todas las paredes de la Capilla, comenzando desde la del altar, en la que se representan en el centro a Cristo y el primer papa Pedro, además de Lino y Cleto. Las cuatro figuras se perdieron cuando Miguel Ángel, por orden de Pablo III en 1536, pintó en esta pared el Juicio Universal. Los Pontífices se encuentran ubicados en parejas dentro de nichos a los lados de las ventanas: su sucesión no se realiza en una pared, sino que se alternan con la ubicada enfrente. Los autores de la serie son los mismos de los ciclos de la vida de Moisés y de Cristo, es decir, Pietro Perugino, Sandro Botticelli, Cosimo Rosselli y Domenico Ghirlandaio. Los diferentes personajes se diferencian ligeramente sólo por la posición; por lo general se encuentran representados de figura entera, de tres cuartos con un libro o rollo, o bien, bendiciendo.