Las historias de Moisés, que originariamente incluían ocho recuadros, cada uno presentado por un título en el friso superior, iniciaban de la pared del altar con el Nacimiento y el Hallazgo de Moisés del Perugino, fresco que se perdió al realizar el Juicio Universal de Miguel Ángel. Por lo tanto, en la actualidad el ciclo del Antiguo Testamento inicia con el Viaje de Moisés a Egipto, en el que aparecen en un solo recuadro la Despedida del suegro Jethro (Éxodo 4,18-20), el Regreso a Egipto con la familia (Éxodo 4,18-20), la Circuncisión del segundogénito (Esodo 4,24-26). El segundo recuadro describe algunos Hechos de la vida de Moisés: la muerte del egipcio (Éxodo 2,11-15), la lucha con los pastores para defender a la hijas de Jethro (Éxodo 2,16-22) y la visión de la zarza ardiente (Éxodo 3,1-12). El tercer fresco ilustra el Paso del Mar Rojo (Éxodo 14,5-31), al que sigue la Entrega de las Tablas de la Ley en la que se narran al mismo tiempo la Subida de Moisés al Monte Sinaí (Éxodo 24,12-17; 31,18 ) para recibir las Tablas de la Ley, la Adoración del becerro de oro (Éxodo 32,1-20), el Castigo de los judíos idólatras (Éxodo 32,25-35) y el regreso del Profeta con las nuevas Tablas de la Ley (Éxodo 34,1-4). El recuadro siguiente ilustra un episodio un tanto extraño, es decir, el Castigo de Coré, Datán y Abirón (Números 16,1-35), sacerdotes judíos que negaban a Moisés y Arón la autoridad civil y religiosa sobre el pueblo elegido; por este motivo, fueron tragados por la tierra y consumidos por un fuego invisible junto con sus familias. El último fresco muestra el Testamento y muerte de Moisés (Deuteronomio 33, 34), tras ver la Tierra Prometida. El ciclo se concluye en la pared de la entrada con la Disputa por el cuerpo de Moisés (Carta de Judas, 9). Cada recuadro de historias coincide en la faja inferior con una cortina falsa con las hazañas de Sixto IV. La serie de los Pontífices se extendía a lo largo de todas las paredes de la Capilla iniciando desde la del altar, en la que en el centro se hallaban representados Cristo y el primer papa Pedro, además de Lino y Cleto. Las cuatro figuras se perdieron cuando Miguel Ángel, por orden de Pablo III en 1536 pintó en esta pared el Juicio Universal. Los Pontífices están colocados dentro de nichos a los lados de las ventanas: La serie no está representada en secuencia, sino que se alterna en las paredes. Los autores son los mismos de los ciclos de la vida de Moisés y de Cristo, es decir, Pietro Perugino, Sandro Botticelli, Cosimo Rosselli y Domenico Ghirlandaio. Los diferentes personajes se diferencian ligeramente sólo por la posición o en la fisonomía de los gestos; por lo general se encuentran representados de tres cuartos con un libro o rollo, o bien, bendiciendo. En los lunetos y enjutas que se encuentran encima, Miguel Ángel ha representado a los Antepasados de Cristo, precursores de su venida y por ello, de la Redención. Están enumerados al comienzo del Evangelio de Mateos (Mateos 1,1-17), que desde Abrahán, incluye los nombres de cuarenta progenitores de Cristo (diferenciándose de la otra versión del evangelista Lucas, que al comenzar por Adán se refiere en cambio a 75 familias), representados aquí no tanto como imágenes históricas, sino como símbolos de una humanidad durante actividades varias y sobre todo, al constituirse en núcleos familiares. Sin embargo, los numerosos intentos de asociar los nombres inscritos en las placas a los personajes representados, no han permitido identificarlos hasta ahora de manera segura.