S. Dionisios
S. Esteban I
S. Cornelio
S. Antero
S. Urbano I
S. Zefirino
S. Eleuterio
S. Aniceto
S. Igino
S. Sixto I
S. Evaristo
S. Clemente I

La serie de los Pontífices se extendía a lo largo de todas las paredes de la Capilla iniciando desde la del altar, en la que en el centro se hallaban representados Cristo y el primer papa Pedro, además de Lino y Cleto. Las cuatro figuras se perdieron cuando Miguel Ángel, por orden de Pablo III en 1536 pintó en esta pared el Juicio Universal. Los Pontífices están colocados dentro de nichos a los lados de las ventanas: La serie no está representada en secuencia, sino que se alterna en las paredes. Los autores son los mismos de los ciclos de la vida de Moisés y de Cristo, es decir, Pietro Perugino, Sandro Botticelli, Cosimo Rosselli y Domenico Ghirlandaio. Los diferentes personajes se diferencian ligeramente sólo por la posición o en la fisonomía de los gestos; por lo general se encuentran representados de tres cuartos con un libro o rollo, o bien, bendiciendo.