Le Musée Ethnologique – dont la devise est Quoniam tam praeclara - fut fondé le 12 novembre 1926 par le Pape Pie XI. Il fut constitué à la clôture de l'Exposition Universelle Missionnaire, que le Pape avait ardemment souhaitée à l'occasion de l'Année Sainte de 1925. Le musée fut inauguré le 1er février 1927 au siège du Palais du Latran où il demeura jusqu'en 1963. En 1973, sous le pontificat de Paul VI, le Musée fut réorganisé dans son siège actuel au Vatican, à son siège actuel. Le noyau original de la collection comptait environ 40.000 œuvres et avait été sélectionné par une commission spécifiquement établie à cet effet parmi plus de 100.000 objets provenant du monde entier et offerts au Pape par des particuliers, les missions et 400 Diocèses en vue de la grande Exposition de 1925. Le Père Wilhelm Schmidt - de l'ordre des Verbites, participa activement à cette commission. La collection originale s'est enrichie au cours des années de nouvelles acquisitions et donations faites aux Papes.
Rappelons entre autres la collection du Museo Borgiano de Propaganda Fide, la collection de numismatique chinoise du Père Giuseppe Kuo, les portraits en plâtre des populations amérindiennes réalisées par le sculpteur allemand Ferdinand Pettrich, la collection de pièces préhistoriques de l'Ecole Britannique d'Archéologie de Jérusalem et encore la précieuse collection d'objets de cérémonie de l'aire du fleuve Sepik (Nouvelle-Guinée) du Père Kirschbaum.
La collection actuelle compte environ 100.000 œuvres.