Cette salle abrite des antiquités romaines et une section dédiée aux découvertes effectuées dans l'aire du Vatican. Durant la période des rois et tout au long de l’époque républicaine, le territoire situé sur la rive droite du Tibre était connu sous le nom de Ager Vaticanus. Il s'étendait au nord jusqu'à l'embouchure du Cremera et au sud au moins jusqu'au Janicule. Durant l'époque impériale, à partir du IIe siècle après J.-C., le toponyme Vaticanum occupait une surface correspondant grosso modo à celle que couvre actuellement l'Etat du Vatican. Durant l'époque romaine, cette zone était située à l'extérieur de la ville de Rome et comprenait des villas, les jardins d'Agrippine, mère de l'empereur Caligula (37-41 après J.-C.) – et de vastes nécropoles disposées le long des routes principales. Dans les jardins de sa mère, Caligula construisit un cirque (Gaianum), qui fut ensuite remanié par Néron (54-68 après J.-C.). Plusieurs tombes furent creusées le long de la Via Trionfale, la route qui part de Piazza S. Pietro, se dirige au nord vers Monte Mario. La nécropole où se trouve le tombeau de l'apôtre Pierre, tué durant la persécution de Néron, était située le long de la Via Cornelia, qui se dirige vers l'ouest. La tombe de Saint Pierre devint lieu de pèlerinages et objet de vénération dès le IIe siècle après J.-C. Puis la nécropole fut ensevelie durant la construction de la basilique que l'Empereur Constantin (306-337 après J.-C.) décida d’élever en l’honneur de l'apôtre. Seule une partie de la nécropole est aujourd’hui ouverte aux visites.