Die Geschichten aus dem Leben von Moses, die ursprünglich acht Bildfelder umfassten und von denen jedes im oberen Fries mit einem Titel versehen war, begannen an der Altarwand mit der Geburt und der Auffindung von Moses von Perugino. Dieses Fresko ist aber nicht mehr erhalten, da es dem Jüngsten Gericht Michelangelos weichen musste. Heute nimmt also der Zyklus des Alten Testaments seinen Ausgang bei der Wanderung Moses’ nach Ägypten, wo in einem einzigen Bild der Abschied von seinem Schwiegervater Jitro (Exodus 4,18-20), die Rückkehr nach Ägypten mit der Familie (Exodus 4,18-20) und die Beschneidung des Zweitgeborenen (Esodo 4,24-26) dargestellt sind. Das zweite Fresko erzählt Begebenheiten aus dem Leben von Moses: die Ermordung des Ägypters (Exodus 2,11-15), den Kampf mit den Hirten zur Verteidigung der Töchter von Jitro (Exodus 2,16-22) und den Brennenden Dornbusch (Exodus 3,1-12). Das dritte Wandbild zeigt den Durchzug durch das Rote Meer (Exodus 14,5-31). Darauf folgt die Übergabe der Gesetzestafeln, wo gleichzeitig die Episode „Moses steigt auf den Berg Sinai (Exodus 24,12-17; 31,18 ), um die Gesetzestafeln in Empfang zu nehmen“, die „Anbetung des Goldenen Kalbes“ (Exodus 32,1-20), die „Bestrafung der Götzendiener“ (Exodus 32,25-35) und die „Rückkehr des Propheten mit den neuen Gesetzestafeln“ (Exodus 34,1-4) dargestellt sind. Das folgende Feld enthält eine eher seltene Episode, und zwar die Bestrafung von Korach, Datan und Abiram (Numeri 16,1-35), der hebräischen Priester, die Moses und Aron die zivile und religiöse Befugnis über das auserwählte Volk abgesprochen hatten. Aus diesem Grund wurden sie vom Erdboden verschluckt und zusammen mit ihren Familien von einem unsichtbaren Feuer verzehrt. Im letzten Fresko sind das Testament und der Tod von Moses dargestellt (Deuteronomium 33, 34), nachdem er das Gelobte Land gesehen hatte. Den Abschluss des Zyklus’ an der Eingangswand bildet der Streit um den Leichnam Moses’(Brief des Judas, 9). Jedem Feld der Geschichten entspricht in der unteren Reihe ein Vorhang in Scheinmalerei mit dem Wappen Sixtus’ IV. Die Bildreihe mit den Päpsten verlief von der Altarwand ausgehend entlang der Kapellenwände, wo in der Mitte Christus und der erste Papst Petrus neben Linus und Cletus dargestellt waren. Die vier Figuren sind jedoch nicht mehr erhalten, da Michelangelo auf Wunsch Pauls III. 1536 hier das Jüngste Gericht ausführte. Die Päpste sind paarweise in den Nischen zu beiden Seiten der Fenster angeordnet. Ihre Aufeinanderfolge verläuft allerdings nicht an einer Wand, sondern wechselt mit der gegenüberliegenden ab. Die ausführenden Künstler dieser Bildreihe sind dieselben wie für die Zyklen mit Moses und Christus, also Pietro Perugino, Sandro Botticelli, Cosimo Rosselli, Domenico Ghirlandaio. Die Figuren unterscheiden sich nur wenig in der Körperhaltung und sind meist zu drei Vierteln dargestellt: mit einem Buch oder einer Papierrolle oder bei der Erteilung des Segens. In den Lünetten und den Stichkappen darüber schuf Michelangelo die Vorfahren Christi, die seine Ankunft und damit die Erlösung vorwegnehmen. Sie sind zu Beginn des Matthäus-Evangeliums angeführt (Matthäus 1,1-17), wo ausgehend von Abraham die Namen von vierzig Vorfahren Christi erscheinen (dies in Abweichung der Version des Evangelisten Lukas, der bei Adam beginnend 75 Familien nennt). Sie stehen nicht für historische Personen, sondern sollen eher Menschen dargestellen, die in diversen Haltungen und vor allem bei der Gründung von Familien gezeigt werden. Zahlreiche Versuche, die Namen auf den Schildern mit den dargestellten Personen in Verbindung zu bringen, haben bislang noch keine sichere Identifizierung ermöglicht.