Hier sind römische Altertümer und eine den auf dem Gebiet des Vatikans gemachten Entdeckungen gewidmete Abteilung zu sehen. In der Zeit der römischen Könige und die gesamte Republikanische Epoche hindurch war das Gebiet rechts des Tibers als Ager Vaticanus bekannt und erstreckte sich im Norden bis zur Mündung des Flusses Cremera und im Süden bis hin zum Gianicolo. Ab der Kaiserzeit (2.Jh. n. Chr.) ist der topografische Begriff Vaticanum gesichert, der sich auf ein Gebiet, das etwa dem des heutigen Vatikanstaats entspricht, bezog. In der Römerzeit lag dieses Gebiet außerhalb der Stadtgrenzen Roms und wies Villen, die Gärten der Mutter Kaiser Caligulas (37-41 n.Chr.), Agrippina, und großflächige Nekropolen entlang der Hauptstraßen auf. In den Gärten der Mutter ließ Caligula eine Wagenrennbahn (Gaianum) errichten, die später von Nero (54-68 n.Chr.) umgebaut wurde. An der Via Trionfale, die vom Petersplatz in Richtung Norden zum Monte Mario führt, wurden bei Ausgrabungen mehrere Gräber entdeckt. An der nach Westen führenden Via Cornelia hingegen lag die Nekropole, in der sich auch das Grab des Apostels Petrus befand, der bei der Christenverfolgung durch Nero getötet und hier beigesetzt wurde. Sein Grab war ab dem 2. Jh. n. Chr. Ziel von Pilgerfahrten und Gegenstand der Verehrung. Die Nekropole wurde bei den Bauarbeiten für die Basilika des Heiligen, die unter Kaiser Konstantin (306-337 n.Chr.) begannen, verschüttet und ist heute nur zum Teil zu besichtigen.