In den Zuständigkeitsbereich dieser Abteilung fallen die etruskischen und italischen Altertümer, die im Museo Gregoriano Etrusco ausgestellt sind, einschließlich der Sektoren  Vasensammlungen und Antiquarium Romanum [Sektion, die dem römischen Altertum gewidmet ist] und der Lagerbestände: etwa 15.000 inventarisierte Werke, von denen fast 4.000 ausgestellt sind.
Das von Papst Gregor XVI. gewollte und auch nach ihm benannte Museum wurde am 2. Februar 1837 eingeweiht. Nach der Etruskischen Akademie in Cortona und dem Guarnacci-Museum in Volterra, deren Gründung auf das 18. Jahrhundert zurückgeht, war es das erste Museum, das eigens dem etruskischen Altertum gewidmet war.

Die Eröffnung war die Krönung einer aufregenden Periode der Ausgrabungen und Entdeckungen, die man in den Jahren zuvor in den bedeutendsten Städte des antiken Etrurien gemacht hatte – vor allem in Vulci, Cerveteri und Tarquinia: Städten, die sich auf dem Territorium des damaligen Kirchenstaates befanden.
In die Sammlung konnten aber auch Werke einfließen, die sich bereits seit dem 18. Jahrhundert im Vatikan befanden und schon lange Teil wichtiger Sammlungen waren. Seit seiner Gründung ist das Museum in den Gemächern im „Turm der Winde“ untergebracht, die 1550 auf Wunsch von Julius III. von Michelangelo und Girolamo da Carpi begonnen und unter Pius IV. 1564 von Pirro Ligorio fertiggestellt wurden. Von dort aus hat man einen herrlichen Blick auf die majestätischen Kulisse der „Piniennische“ über dem Pinienhof. Die Gemächer wurden von den Päpsten zwischen der 2. Hälfte des 16. und der 1. Hälfte des 17. Jahrhunderts genutzt, zuletzt von Kardinal Francesco Saverio de Zelada (1717-1801): In seiner Eigenschaft als Bibliothekar und Staatssekretär von Pius VI. (Giovanni Angelo Braschi, 1775-1799) bewohnte er die Gemächer zwischen 1780 und 1798.
Nach dem Ende des Kirchenstaates und seiner territorialen Zuständigkeiten im Jahr 1870 wurde das Museum zwar nur noch sporadisch um neue Stücke bereichert, die waren dafür aber umso bemerkenswerter: die Falcioni-Sammlung (1898), die Schenkung von Benedetto Guglielmi an Pius XI. (1935), die Schenkung von Mario Astarita an Paul VI. (1967) und der Erwerb der Sammlung Giacinto Guglielmi (1987).

Im Laufe des 20. Jahrhunderts hat sich die Größe des Museums dank 4 Renovierungen fast verdreifacht: aus ursprünglich 7 Räumen sind heute 22 geworden, die sich über ein Fläche von über 2000 Quadratmeter erstrecken – einschließlich des Flügels, der zur Zeit Piusʼ VI. errichtet wurde und des Palazzetto von Innozenz VIII. aus dem 15. Jahrhundert.
Seit 1900 wird das Museum von einem Archäologen betreut, der auf Etruskologie spezialisiert ist. Nach Bartolomeo Nogara, Pionier der Etruskologie, ging die Zuständigkeit von Filippo Magi auf Francesco Roncalli di Montorio über, danach auf Francesco Buranelli und schließlich auf Maurizio Sannibale, den aktuellen Kurator.
Eine beachtliche Reihe wissenschaftlicher Publikationen, die ständig zunehmen, veranschaulicht die verschiedenen Sammlungsbereiche anhand monographischer Studien.