El Departamento participa en numerosas actividades para el cuidado y la valorización de las antigüedades de la época faraónica y la época copta y de Oriente Próximo Antiguo, así como de un núcleo de material islámico. El estudio de estos materiales así como de su historia coleccionista y museística es la principal actividad para un conocimiento profundo de su entidad. En esta perspectiva se incluye también el intercambio de conocimientos con numerosos estudiosos externos, que a menudo visitan el Departamento para examinar el material.
Los funcionarios del Departamento participan en congresos y jornadas de estudio que organizan para promover un diálogo activo con la comunidad científica y una constante puesta al día.

La conservación de las obras requiere un seguimiento regular que también marca el ritmo de los trabajos de restauración necesarios, cuya dirección científica está encomendada al Departamento. El momento de la restauración permite investigar la obra en toda su complejidad, gracias a la sinergia con el Laboratorio de Restauración de competencia junto con el Laboratorio de diagnóstico para la conservación y la restauración.

Además, la adecuación de los montajes contribuye al proyecto de prevención y de conservación adecuada del material expuesto en el museo y conservado en los almacenes. Naturalmente, los resultados y las investigaciones se publican en primer lugar en el Bollettino dei Musei Vaticani y en los catálogos del Departamento y, a su vez, en revistas especializadas del sector. La  colaboración activa y constante con la Oficina de actividades didácticas permite llegar al público más joven de los Museos. Además, al cuidado del Departamento se ha proyectado y publicado un catálogo del Museo Gregoriano Egipcio dedicado precisamente a los jóvenes, para sensibilizarlos respecto a la cultura material y acercarlos a la civilización egipcia.

El Departamento coordina diversos proyectos de investigación interdisciplinarios, que cuentan con la participación de instituciones internacionales y estudiosos especialistas, para el estudio de importantes núcleos de la colección:

• “Vatican Coffin Project”, coordinado por el Departamento junto con el Laboratorio de diagnóstico para la conservación y la restauración de los Museos Vaticanos, estudia los así llamados “sarcófagos amarillos” que datan del Tercer Período Intermedio.
  Participan en el proyecto: el Museé du Louvre de París, el Rijksmuseum van Oudheden de Leiden, el Museo Egizio de Turín, el Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France (C2RMF), el Centro de Conservación y Restauración La Venaria Reale de Turín, Xylodata de París.
  Se dio inicio a un ciclo de congresos internacionales sobre el tema en los Museos Vaticanos, titulado Vatican Coffin Conference (VCC), que ha llegado a su segunda edición: 1VCC  (19-22 junio de 2013); 2VCC  (6-9 de junio de 2017).
  
  
• “Vatican Mummy Project” para el estudio y la conservación de las momias humanas y animales de la colección.
  El Departamento, con la colaboración constante del Laboratorio de restauración de tapices y tejidos, del Laboratorio de Restauración de obras sobre papel y del Laboratorio de diagnóstico para la conservación y la restauración de los Museos Vaticanos, ha contado en el tiempo con la contribución de muchas instituciones y figuras profesionales en base a las distintas temáticas afrontadas: el Istituto di Mummiologia y el Iceman (EURAC) de Bolzano, el Departamento de Biología de la Universidad de Pisa, el Departamento de Bio-imágenes y Ciencias Radiológicas del Complejo Integrado Columbus de la Università Cattolica S. Cuore de Roma, el Poznan Radiocarbon Laboratory, el Departamento de Ciencias Biomédicas y de las Imágenes Morfológicas de la Universidad de Messina, el formador Andrea Felice (Laboratorio de restauración de materiales lapídeos, Museos Vaticanos), la radióloga Stephanie Panzer (Unfallklinik Murnau), el paleo-antropólogo Dario Piombino-Mascali (Vilnius University) y la restauradora de tejidos Cinzia Oliva.
  
  
• “Proyecto Orazio Marucchi” para el estudio, la publicación del catálogo y la conservación de toda la colección de papiros hieráticos y demóticos.
  Participan en el proyecto: el Laboratorio de restauration de obras sobre papel de los Museos Vaticanos, los papirólogos Florence Albert (Institut Français d’Archéologie Orientale, El Cairo), François Herbin (CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique) y Juan José Archidona Ramírez (University of Leiden).
  
  
• “Proyecto Sekhmet” para el estudio y la conservación de las estatuas de la diosa Sekhmet datadas del reino de Amenhotep III.
  Participan en el proyecto: el Laboratorio de diagnóstico para la conservación y la restauración de los Museos Vaticanos, el Museo Egizio en Turín y el restaurador Emiliano Ricchi.
  El Departamento también colabora sobre el yacimiento arqueológico de Kom el-Hettan (Tebas Oeste, Luxor) en el “The Colossi of Memnon and Amenhotep III Temple Conservation Project”, dirigido por la egiptóloga Hourig Sourouzian, para la realización de un “Museo Sekhmet” tanto en el yacimiento como virtual (que reúna las estatuas Sekhmet dispersas en todo el mundo).
  
  
• “Bab el-Gasus Project”. El Departamento participa en el proyecto internacional para la reconstrucción del contexto originario del así llamado “escondrijo de los sarcófagos de Bab el-Gasus” (Tebas Oeste, Luxor). Dirigido por el egiptólogo Rogerio Sousa (Universidade de Coimbra), cuenta con la colaboración de: University of Leiden, Rijksmuseum van Oudheden de Leiden, Musée du Louvre de París, University of California Los Ángeles (UCLA) y los Musées Royaux des Beaux Arts de Bruselas.