El Departamento de artes decorativas tiene a su cargo el cuidado de un inestimable patrimonio espiritual, histórico y artístico, el cual a partir de su adquisición (1999) ha sido inventariado, catalogado, y es objeto de continuas acciones de tutela, conservación, valoración y promoción.
Para ello, el Departamento lleva a cabo en fructífera sinergia con el personal científico, el personal especializado de los Laboratorios de Restauración de los Museos y algunos colaboradores externos seleccionados, una serie de complejas actividades dirigidas tanto a los prestigiosos entornos museísticos como a los tesoros expuestos y a los hallazgos almacenados: un meticuloso mantenimiento ordinario, la dirección científica de las restauraciones, los nuevos montajes, el apoyo constante a la investigación —con apertura y apoyo a los estudiosos de todo el mundo—, las publicaciones científicas, la comunicación externa mediante la participación en congresos y exposiciones, y la promoción de actividades didácticas.

Cabe destacar la reciente restauración de un conjunto de 34 platos de cerámica del siglo XVI de exquisita factura artesanal en Urbino, ya presentados al público en la exposición temporal Comiendo con los dioses. Platos historiados de la Colección Carpegna (verano de 2018, al cuidado de G. Cornini), que formarán parte del nuevo montaje de la colección de cerámica, están siendo estudiados en el gran espacio adyacente a la sala que alberga la Farmacia de Santa Cecilia in Trastevere. Esta última, adquirida por la Santa Sede en el siglo XX, es a su vez objeto de una investigación integral sobre el conjunto (mobiliario, cerámica, vidrio, herramientas) con vistas a un nuevo montaje que la hará accesible al público.

El sostén constante a la investigación que asegura el Departamento, que no escatima su apoyo a estudiosos e investigadores de todo el mundo, queda en gran parte reflejado en la publicación del Catálogo científico en varios volúmenes del Museo Profano, edición al cuidado de Claudia Lega, y en la Storia della Biblioteca ApostolicaVaticana, vol. V (contribuciones de G. Cornini, C. Lega, M. Serlupi Crescenzi).
El Departamento también promueve una experimentación didáctica en la que participan las instituciones encargadas de la educación al patrimonio, alias Colegio (Liceo Clásico "E. Q. Visconti", Roma)-Museo-Universidad (Facultad de Ciencias de la Educación, Alma Mater Studiorum, Bolonia), poniendo de relieve una investigación multidisciplinar sobre instrumentos científicos (esferas celestes y globos terrestres, planisferios, esferas armilares, etc.) expuestos en la Galería de Urbano VIII y en la Sala Paulina.