Parete Sud
Le Storie di Mosè, che comprendevano in origine otto riquadri ciascuno presentato da un titolo nel fregio superiore, iniziavano dalla parete d'altare con la Nascita e il Ritrovamento di Mosè del Perugino, affresco andato perduto al tempo della realizzazione del Giudizio Universale di Michelangelo. Oggi quindi il ciclo dell'Antico Testamento parte dal Viaggio di Mosè in Egitto, in cui compaiono in un unico riquadro il Congedo dal suocero Ietro (Esodo 4, 18-20), il Ritorno in Egitto con la famiglia (Esodo 4, 18-20), la Circoncisione del secondogenito (Esodo 4, 24-26). Il secondo riquadro descrive alcuni Fatti della vita di Mosè: l'uccisione dell'egiziano (Esodo 2, 11-15), la lotta con i pastori per difendere le figlie di Ietro (Esodo 2, 16-21) e la visione del roveto ardente (Esodo 3, 1-12). Il terzo affresco illustra il Passaggio del Mar Rosso (Esodo 14, 5-31), cui segue la Consegna delle Tavole della Legge dove sono narrati simultaneamente la Salita di Mosè sul Monte Sinai (Esodo 24, 12-17; 31, 18 ) per ricevere le Tavole della Legge, l'Adorazione del vitello d'oro (Esodo 32, 1-20), la Punizione degli ebrei idolatri (Esodo 32, 25-35) e il ritorno del Profeta con le nuove Tavole della Legge (Esodo 34, 1-4). Il riquadro successivo illustra un episodio alquanto raro, vale a dire la Punizione di Core, Datan e Abiram (Numeri 16, 1-35), sacerdoti ebrei che negavano a Mosè e Aronne l'autorità civile e religiosa sul popolo eletto; essi furono per questo inghiottiti dalla terra e consumati da un fuoco invisibile insieme alle loro famiglie. L'ultimo affresco mostra il Testamento e morte di Mosè (Deuteronomio 33, 34) dopo essere giunto in vista della Terra Promessa. Il ciclo si conclude sulla parete d'ingresso con la Contesa sul corpo di Mosè (Lettera di Giuda, 9). Ciascun riquadro delle storie corrisponde nella fascia inferiore un finto tendaggio con le imprese di Sisto IV. La serie dei Pontefici si snodava lungo tutte le pareti della Cappella a partire da quella dell'altare, in cui al centro figuravano Cristo e il primo papa Pietro, oltre a Lino e Cleto. Le quattro figure andarono perdute allorché Michelangelo, per ordine di Paolo III, nel 1536 dipinse su questa parete il Giudizio Universale. I Pontefici sono disposti a coppie entro nicchie ai lati delle finestre: la serie non è rappresentata in sequenza ma si alterna sulle pareti. Gli autori sono gli stessi dei cicli della vita di Mosè e di Cristo, vale a dire Pietro Perugino, Sandro Botticelli, Cosimo Rosselli, Domenico Ghirlandaio. I diversi personaggi si differenziano solo lievemente nella posizione o nella fisionomia dei gesti; essi sono generalmente rappresentati di tre quarti con un libro o un rotolo oppure in atto di benedizione. Nelle lunette e nelle vele soprastanti Michelangelo ha rappresentato gli Antenati di Cristo, anticipatori della sua venuta e quindi della Redenzione. Essi sono elencati all'inizio del Vangelo di Matteo (Matteo 1, 1-17), che a partire da Abramo riporta i nomi di quaranta progenitori di Cristo (differenziandosi dall'altra versione dell'evangelista Luca, che iniziando da Adamo riporta invece 75 famiglie), rappresentati qui non tanto come immagini storiche quanto come figurazioni simboliche di un'umanità colta in varie attitudini e soprattutto nel suo costituirsi in nuclei familiari. Numerosi tentativi di collegare i nomi scritti sulle targhe ai personaggi raffigurati non hanno però consentito fino ad ora di stabilirne una identificazione certa.