Il Reparto partecipa a numerose attività per la cura e la valorizzazione delle antichità di epoca faraonica e copta e del Vicino Oriente Antico, nonché di un nucleo di materiale islamico. Lo studio di questo materiale e della sua storia collezionistica e museologica è l’attività primaria per una profonda conoscenza della sua stessa entità. In tale prospettiva si inserisce anche lo scambio con tanti studiosi esterni, spesso anche in visita per esaminare il materiale.
I funzionari del Reparto organizzano e partecipano a convegni e giornate di studio per promuovere un dialogo vivace con la comunità scientifica e per un costante aggiornamento.

La conservazione delle opere richiede un regolare monitoraggio che scandisce anche il ritmo dei lavori di restauro necessari, la cui direzione scientifica è affidata al Reparto. Il momento del restauro permette di investigare l’opera in tutta la sua complessità, grazie alla sinergia con il Laboratorio di Restauro di competenza insieme con il Laboratorio di Diagnostica per la Conservazione e il Restauro. Inoltre l’adeguamento degli allestimenti contribuisce al progetto di prevenzione e di adeguata conservazione del materiale esposto in museo e conservato all’interno dei magazzini. La pubblicazione dei risultati e delle ricerche trova il suo primo naturale sbocco nel Bollettino dei Musei Vaticani e nei cataloghi del Reparto, come anche in riviste specializzate del settore. La vivace e costante collaborazione con l’Ufficio Attività Didattiche permette di raggiungere il pubblico più giovane dei Musei. Il Reparto ha inoltre progettato, curato e pubblicato un catalogo del Museo Gregoriano Egizio dedicato proprio ai ragazzi, per sensibilizzarli alla cultura materiale e avvicinarli alla civiltà egizia.

Il Reparto coordina diversi progetti di ricerca interdisciplinari, che vedono la partecipazione di istituzioni internazionali e studiosi specialisti, per lo studio di importanti nuclei della collezione:

• “Vatican Coffin Project”, coordinato dal Reparto insieme con il Laboratorio di Diagnostica per la Conservazione e il Restauro dei Musei Vaticani, studia i cosiddetti “sarcofagi gialli” datati al Terzo Periodo Intermedio.
  Partecipano al progetto: il Museé du Louvre di Parigi, il Rijksmuseum van Oudheden di Leida, il Museo Egizio a Torino, il Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France (C2RMF), il Centro di Conservazione e Restauro La Venaria Reale di Torino, Xylodata di Parigi.
  E’ stato avviato un ciclo di convegni internazionali sul tema nei Musei Vaticani, dal nome Vatican Coffin Conference (VCC), che è arrivato alla seconda edizione: 1VCC  (19-22 giugno 2013); 2VCC  (6-9 giugno 2017).
  
  
• “Vatican Mummy Project” per lo studio e la conservazione delle mummie umane e animali della collezione.
  Il Reparto, con la collaborazione costante del Laboratorio di Restauro Arazzi e Tessuti, del Laboratorio di Restauro Opere su carta e del Laboratorio di Diagnostica per la Conservazione e il Restauro dei Musei Vaticani, ha avuto nel tempo il contributo di molti istituzioni e professionalità in base alle diverse tematiche affrontate: l’Istituto di Mummiologia e l’Iceman (EURAC) di Bolzano, il Dipartimento di Biologia dell’Università di Pisa, il Dipartimento di Bio-immagini e Scienze Radiologiche del Complesso Integrato Columbus dell’Università Cattolica S. Cuore di Roma, il Poznan Radiocarbon Laboratory, il Dipartimento delle Scienze Biomediche e delle Immagini Morfologiche Università di Messina, il formatore Andrea Felice (Laboratorio di restauro Materiali Lapidei, Musei Vaticani), la radiologa Stephanie Panzer (Unfallklinik Murnau), il paleo-antropologo Dario Piombino-Mascali (Vilnius University), la restauratrice di tessuti Cinzia Oliva.
  
  
• “Progetto Orazio Marucchi” per lo studio, la pubblicazione del catalogo e la conservazione dell’intera collezione dei papiri ieratici e demotici.
  Partecipano al progetto: il Laboratorio di Restauro Opere su Carta dei Musei Vaticani, i papirologi Florence Albert (Institut Français d’Archéologie Orientale, Cairo), François Herbin (CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique) e Juan José Archidona Ramírez (University of Leiden).
  
  
• “Progetto Sekhmet” per lo studio e la conservazione delle statue della dea Sekhmet datate al regno di Amenhotep III.
  Partecipano al progetto: il Laboratorio di Diagnostica per la Conservazione e il Restauro dei Musei Vaticani, il Museo Egizio a Torino, il restauratore Emiliano Ricchi.
  Il Reparto collabora anche sul sito archeologico di Kom el-Hettan (Tebe Ovest, Luxor) al “The Colossi of Memnon and Amenhotep III Temple Conservation Project”, diretto dall’egittologa Hourig Sourouzian, per la realizzazione di un “Museo Sekhmet” sia sul sito sia virtuale (che raccoglie le statue Sekhmet disperse in tutto il mondo).
  
  
• “Bab el-Gasus Project”. Il Reparto partecipa al progetto internazionale per la ricostruzione del contesto originario del cosiddetto “nascondiglio dei sarcofagi di Bab el-Gasus” (Tebe Ovest, Luxor). Diretto dall’egittologo Rogerio Sousa (Universidade de Coimbra), vede la collaborazione di: University of Leiden, Rijksmuseum van Oudheden di Leida, Musée du Louvre di Parigi, University of California Los Angeles (UCLA) e Musées Royaux des Beaux Arts di Bruxelles.