Die 1971 unter dem Namen „Abteilung für frühchristliche Kunst“ gegründete Abteilung ist für die Bewahrung, Erforschung und Aufwertung der im Museo Pio Cristiano aufbewahrten Sammlung spätantiker, frühchristlicher und hochmittelalterlicher Kunst zuständig. In ihren Zuständigkeitsbereich fällt auch das umfassende epigraphische Erbe der christlichen und jüdischen Lapidarien, wie auch die Fundstücke, die im Lager des Päpstlichen Bibelinstituts aufbewahrt werden.

Das 1854 von Pius IX. im Lateran gegründete Museo Pio Cristiano beherbergt mehr als 250 Sarkophage und Sarkophag-Fragmente, die aus der Zeit von ca. Mitte des 3. Jahrhunderts bis Anfang des 5. Jahrhunderts n. Chr. stammen. Die meisten stammen aus den frühchristlichen Friedhöfen und Basiliken Roms und sind mit dem reichen ikonographischen Repertoire der entstehenden christlichen Kunst geschmückt. Zusammen mit dem angrenzenden „Museo Gregoriano Profano” soll die Sammlung ein möglichst umfassendes Bild der Entwicklung der römischen Bildhauerkunst vermitteln und die Entwicklung der liturgisch inspirierten Ausschmückung frühmittelalterlicher Kirchen veranschaulichen. Einige wertvolle Gipsabdrücke von Sarkophagen und frühchristlichen Mosaiken aus der Zeit zwischen dem späten 19. und frühen 20. Jahrhundert, sowie zahlreiche, aus dem 19. Jahrhundert stammende maßstabgetreue Kopien der römischen Friedhofsmalereien auf Papier vervollständigen das Bild. Die Sammlung christlicher Altertümer umfasst aber nicht nur Bildhauerkunst, sondern auch Fundstücke verschiedenster Art und Materialien, wie Fragmente von Gemälden, Mosaiken und Metallobjekten.

Mit der Gründung der Skulpturensammlung wurde auch die bedeutende Sammlung antiker christlicher Inschriften ins Leben gerufen – das Lapidario Cristiano der Vatikanischen Museen –, die zunächst in der Loggia des Lateranpalastes untergebracht war und 1963 zusammen mit dem Museo Pio Cristiano in den Vatikan verlegt wurde. 1970 wurde die neue Ausgestaltung der beiden Sammlungen eingeweiht. Die heutige Ausgestaltung des Lapidario Ebraico, das sich ursprünglich im Jüdischen Saal des Lateranmuseums befand, geht auf 1985 zurück.
Die Zuständigkeit der Abteilung erstreckt sich auf die Bewahrung des frühchristlichen und frühmittelalterlichen Erbe in den extraterritorialen Gebieten des Staates, wie z.B. die monumentalen Komplexe des Laterans oder die Basiliken St. Paul vor den Mauern und Santa Maria Maggiore. Besagtes Erbe besteht in erster Linie aus den architektonischen Strukturen, archäologischen Überresten und Dekorationen der Basiliken und zugehörigen Bauten, sowie aus frühchristlichen Funden, die in den oben genannten extraterritorialen Bereichen in situ erhalten sind.