Die Abteilung beteiligt sich an zahlreichen Aktivitäten, die nicht nur der Bewahrung und Aufwertung von Altertümern aus pharaonischer und koptischer Zeit gewidmet sind, sondern auch einer Sammlung von Artefakten islamischer Herkunft. Im Fokus steht dabei vor allem die Untersuchung dieses Materials und seiner museologischen und sammlungstechnischen Geschichte, die auch einen Austausch mit externen Wissenschaftlern vorsieht, die das Material oft auch vor Ort untersuchen. Das Personal der Abteilung organisiert und besucht Konferenzen und Studientagen, um einen lebendigen Dialog mit der wissenschaftlichen Gemeinschaft zu fördern und immer auf dem letzten Stand zu sein.

Die Erhaltung der Artefakte erfordert eine regelmäßige Überwachung, die auch den Rhythmus der notwendigen Restaurierungsarbeiten bestimmt, für deren wissenschaftliche Leitung die Abteilung zuständig ist. Bei den Restaurierungen können die Objekte in ihrer ganze Komplexität untersucht werden, was auch dank der Zusammenarbeit mit dem zuständigen Restaurierungslabor und dem Diagnostiklabor für Konservierung und Restaurierung möglich ist.
Die ständige Neugestaltung der Museumsausbereiche ist darüber hinaus dem Projekt der Prävention und angemessenen Erhaltung des im Museum ausgestellten und in den Depots gelagerten Materials förderlich. Die Forschungsergebnisse werden dann im Bollettino dei Musei Vaticani, in den Katalogen der Abteilung sowie in Fachzeitschriften veröffentlicht. Dank der aktiven und konstanten Zusammenarbeit mit dem Büro für didaktische Aktivitäten können auch die jüngsten Museumsbesucher erreicht werden. Die Abteilung hat einen eigens auf Kinder zugeschnittenen Katalog des  Museo Gregoriano Egizio (Ägyptischen Museums) entworfen, erstellt und veröffentlicht. Auf diese Weise will man das Bewusstsein der jungen Museumsbesucher für die Materielle Kultur schärfen und ihnen die ägyptische Zivilisation nahe bringen.

Unter Einbeziehung internationaler Institutionen und Experten koordiniert die Abteilung verschiedene interdisziplinäre Forschungsprojekte, die der Untersuchung wichtiger Sammlungskerne dienen:

  • Das „Vatican Coffin Project“ untersucht in Zusammenarbeit mit dem Diagnostiklabor für Konservierung und Restaurierung der Vatikanischen Museen die sogenannten „gelben Sarkophage“, die auf die Dritte Zwischenzeit des Alten Ägypten datiert werden.
    An dem Projekt sind beteiligt: das Pariser Musée du Louvre; das Rijksmuseum van Oudheden in Leiden; das Museo Egizio in Turin; das Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France (C2RMF), das Turiner Zentrum für Restaurierung und Konservierung La Venaria Reale, und das Pariser Ingenieurbüro Xylodata.
    Die Vatikanischen Museen haben eine internationale Konferenzreihe zu diesem Thema  organisiert, die den Namen Vatican Coffin Conference (VCC) trägt und bereits in die Zweite Runde geht: 1VCC (19-22 giugno 2013); 2VCC  (6.-9. Juni 2017).

  • „Vatican Mummy Project“ zum Studium und der Konservierung der menschlichen und tierischen Mumien der Sammlung.
    Die Abteilung, die eng mit dem Labor für die Restaurierung von Wandbehängen und Stoffen, der Restaurierungswerkstatt für Papierkunst und dem Diagnostiklabor für Konservierung und Restaurierung zusammenarbeitet, konnte immer wieder Institutionen und Experten für die Projekte gewinnen, die Thema ihrer Forschungen sind. In diesem Fall: das Istituto di Mummiologia und das Iceman (EURAC) in Bozen, die Biologieabteilung der Universität Pisa, das Abteilung für Bio-Bilder und radiologische Wissenschaften des Integrated Columbus Complex der Università Cattolica S. Cuore in Rom, das Poznan Radiocarbon Laboratory, die Abteilung für biomedizinische Wissenschaften und Morphologie der Universität Messina (Sizilien), den Ausbilder Andrea Felice (Restaurierungswerkstatt für Steinkunst, Vatikanische Museen), die Radiologin Stephanie Panzer (Unfallklinik Murnau), den Paläoanthropologen Dario Piombino-Mascali (Vilnius University) und die Stoff-Restauratorin Cinzia Oliva.

  • „Progetto Orazio Marucchi“ zur Untersuchung und Erhaltung der gesamten Sammlung hieratischer und demotischer Papyri, sowie der Veröffentlichung des dazugehörigen Katalogs.
    An diesem Projekt haben sich beteiligt: die Restaurierungswerkstatt für Papierkunst der Vatikanischen Museen; die Papyrologen Florence Albert (Institut Français d’Archéologie Orientale, Kairo), François Herbin (CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique“) und Juan José Archidona Ramírez (University of Leiden).
  • „Progetto Sekhmet“ zur Erforschung und Erhaltung der Statuen der Göttin Sekhmet aus der Regierungszeit Amenhoteps III.
    Beteiligt sind: das Diagnostiklabor für Konservierung und Restaurierung der Vatikanischen Museen; das Museo Egizio vonTurin und der Restaurator Emiliano Ricchi.
    Die Abteilung ist auch am „The Colossi of Memnon and Amenhotep III Temple Conservation Project“ beteiligt, das die Ägyptologin Hourig Sourouzian an der Ausgrabungsstätte von Kom el-Hettan (Theben-West, Luxor) leitet; sowie an der Schaffung eines „Sekhmet.Museums“ sowohl vor Ort als auch in virtueller Form (in diesem Museum sollen alle Sekhmet-Statuen der Welt gesammelt sein).

  • „Bab el-Gasus Project“. Die Abteilung beteiligt sich an diesem internationalen Projekt zur Rekonstruktion des ursprünglichen Kontextes des sogenannten „Verstecks der Sarkophage von Bab el-Gasus“ (Theben-West, Luxor). Ein Gemeinschaftsprojekt unter der Leitung des Ägyptologen Rogerio Sousa (Universidade de Coimbra), an dem beteiligt sind: University of Leiden, Rijksmuseum van Oudheden in Leiden, das Musée du Louvre in Paris, University of California Los Angeles (UCLA) und Musées Royaux des Beaux Arts in Brüssel.