Die Abteilung für Kunst des 19. Jahrhunderts und der Gegenwart der Vatikanischen Museen wurde 1973 zusammen mit der Sammlung moderner und zeitgenössischer Kunst – damals Sammlung moderner religiöser Kunst genannt – gegründet. Ihre Aufgabe sollte es sein, das historisch-künstlerische Erbe vom 19. Jahrhundert bis zur Gegenwart zu studieren, zu schützen, zu erweitern und bekannt zu machen.

Die Idee, innerhalb des Museumsparcours einen Bereich zu schaffen, der ganz der zeitgenössischen Kunst gewidmet ist, geht auf das Jahr 1964 zurück: Paul VI., der damals gerade erst zum Papst gewählt worden war, hatte die Welt der Kunst in die Sixtinische Kapelle eingeladen. Sein Anliegen war ebenso mutig und edel: Der Papst wollte das zerrissene Band zwischen der zeitgenössischen Kultur und der Kirche wieder kitten.
So begann die komplexe Phase der Auswahl und Sammlung von Werken, die in die Sammlung einfließen sollten. Damit betraut wurden Privatsekretär Pauls VI., Mons. Pasquale Macchi, Mons. Giovanni Fallani und Mons. Ennio Francia, die sich dabei auf ihre Beziehungen und Kontakte zu Künstlern, Erben, Galerien, öffentlichen und privaten Institutionen stützen konnten.
In fast zehn Jahren Arbeit konnte – ohne dabei auf die Ressourcen des Heiligen Stuhls zurückzugreifen – ein Bestand von etwa 900 Werke gesammelt werden, die zunächst als Privatsammlung des Papstes erworben wurden. Die Sammlung sollte nämlich nicht so sehr die religiöse Kunst dokumentieren, sondern die Spiritualität herausstellen, von der die westliche Kunst in einer der fruchtbarsten und komplexesten Perioden ihrer Geschichte geprägt war. Das vielleicht ehrgeizigste Ziel des Montini-Papstes war es aber, mit dieser Sammlung die Suche nach dem Heiligen in der zeitgenössischen Kunst in den Museen Einzug halten zu lassen, und dabei keine Grenzen zu setzen, weder chronologischer noch geographischer Art, was Religion oder Herkunft betraf. So hat die Sammlung nie aufgehört zu wachsen und zählt heute rund 8400 Werke.

Am 23. Juni 1973 wurde die Sammlung der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. 1974 wurde Mario Ferrazza zum Kurator ernannt. Im Jahr 2000 hat ihn Micol Forti an der Leitung der Abteilung abgelöst.
Die Abteilung untersucht, schützt und erweitert nicht nur die in der Sammlung enthaltenen Werke, sondern auch das bewegliche und unbewegliche künstlerische Erbe aus der Zeit des 19. Jahrhunderts bis heute, das sich in den Museumsräumen (Saal der Immacolata, Saal der Indirizzi, Galerie der Kandelaber, Braccio Nuovo, Museo Chiaramonti), den Apostolischen Palästen, den Basilicae maiores und den exterritorialen Gebieten befindet.