Das Personal dieser Werkstatt befasst sich in erster Linie mit allen Aufgaben, die direkt mit der Instandhaltung der Kunstwerke der Vatikanischen Museen zu tun haben: die Bewegung der Kunstwerke, Eingriffe in dringlichen Fällen, Überwachung der Kunstwerke, Organisation der notwendigen Vorbereitungen im Falle von Skulpturen, die für externe Ausstellungen ausgeliehen werden, Begleitung der ausgeliehenen Stücke, Assistenz bei Eingriffen in Kontexten, die ein Risiko für die dort befindlichen Kunstwerke darstellen könnten.
Da einige zu behandelnde Kunstwerke nicht transportiert werden können oder im Falle, dass man sie bewegt, Schaden nehmen könnten, werden die Arbeiten nicht nur in der Restaurierungswerkstatt selbst ausgeführt, sondern auch in den Werkstätten, die man in den Museumsgalerien eingerichtet hat: Beispiele dafür sind die Restaurierung der Biga oder die Restaurierung des Sarkophags der beiden Brüder.
Zu den Aktivitäten der Restaurierungswerkstatt zählt auch die technische Überwachung von Eingriffen an steinernen Kunstwerken, die sich in archäologischen Grabungsstätten wie der Nekropole an der Via Triumphalis und der Basilika St. Paul vor den Mauern befinden.
Darüber hinaus hat die Werkstatt auch die Aufsicht über Restaurierungsarbeiten, die von externen Experten ausgeführt werden, und zwar sowohl in den Museen als auch auf dem Territorium des Staates der Vatikanstadt. Das können so wichtige und arbeitsaufwändige Arbeiten sein wie die Restaurierung des Ziboriums von Arnolfo di Cambio in der Basilika St. Paul vor den Mauern, oder das beeindruckende Restaurierungsprojekt der Kolonnaden des Bernini auf dem Petersplatz, das auch als die „Sixtinische Kapelle der Restaurierungswerkstatt für Steinkunst“ bezeichnet wird. Im Falle von Restaurierungen, bei denen man sich auf die sachkundige Mitarbeit externer Firmen stützt, werden diese von der Werkstatt mit Protokollen ausgestattet, die die Grundlinien der verschiedenen Arbeitsphasen enthalten. Diese Vorgangsweise ermöglicht, dass die philologischen, methodologischen und wissenschaftlichen Indikationen über die Erhaltung – auf die Gesamtheit der im Staat der Vatikanstadt aufbewahrten Werke der Steinkunst angewandt – eine gemeinsame Identität bewahren.