Die tägliche Arbeit der Werkstatt konzentriert sich zum Großteil auf Werke aus den verschiedenen Museumsabteilungen. Man befasst sich mit Restaurierungs- und Instandhaltungsprojekten, die sowohl ständig ausgestellte Werke betreffen, als auch jene, die sich in den Lagerräumen befinden. Die Werke, die zu nationalen und internationalen Ausstellungen geschickt werden, werden dahingehend kontrolliert, dass sie in der Phase, in der sie bewegt werden, keinen Schaden nehmen.
Das Ausmaß des Verfalls der papierenen Unterlage hängt von den Eigenschaften des Materials selbst ab, von der Typologie der Materialien, die darauf zur Verwendung kamen (wie Tuschen und Pigmente), vor allem aber vom Erhaltungszustand. Aus diesem Grund werden die Kunstwerke vor jedem Eingriff dahingehend untersucht, welche Techniken und Materialien verwendet wurden. Vervollständigt wird die Analyse von der vom Diagnostiklabor für Konservierung und Restaurierung der Vatikanischen Museen ausgeführten Bestimmung der Pigmente.
Die am häufigsten vorkommenden Schäden sind auf Insektenbefall zurückzuführen, auf Veränderungen der Unterlagen durch Photooxidationen, die Verformung der Unterlagen (die in einigen Fällen zum Verlust eines Teils davon führt) und schließlich auf die Ablösung und Dekohäsion der Pigmente.
Die Restauratoren, die sich auf die fortschrittlichsten Technologien stützen, achten darauf, dass die Instandhaltungsarbeiten so wenig invasiv wie möglich sind, damit die Einheit des Werkes wieder hergestellt ist.
Die für die Instandhaltung benutzten und getesteten Materialien, wie Papier, Kleber und Kartons, garantieren die volle Reversibilität des Eingriffs.