El trabajo del Departamento se centra principalmente en el estudio, la conservación y la valoración didáctica del patrimonio de propia competencia.
El estudio, llevado a cabo en colaboración con compañeros de otros Departamentos y de varias instituciones vaticanas y externas al Vaticano, tiene como objetivo a breve plazo la publicación de guías-catálogo actualizadas del Museo Pío Cristiano (al cuidado de U. Utro y A. Vella) y del Lapidario Hebreo (al cuidado de I. Di Stefano Manzella, consultor del Departamento de colecciones epigráficas), además de un volumen monográfico dedicado a la colección de escultura altomedieval (al cuidado de A. Ballardini, Universidad de Roma Tre).
En el complejo de San Pablo Extramuros, una extensa investigación arqueológica llevada a cabo por los Museos Vaticanos en la zona del ex Huerto de los Monjes (en colaboración con el Instituto Pontificio de Arqueología Cristiana) sacó a la luz importantes restos del monasterio altomedieval y del porticado monumental que conducía a los peregrinos a la entrada de la basílica. Algunas contribuciones preliminares sobre los estudios en curso se han editado en revistas especializadas y se divulgan periódicamente en el marco de encuentros y exposiciones en el interior de los Museos Vaticanos.

En cuanto a los trabajos de conservación, cabe poner de relieve en primer lugar el proyecto de restauración integral de las obras del Museo Pío Cristiano (obras escultóricas, copias del s. XIX de las pinturas cementariales, calcos de mosaicos en yeso pintado): las restauraciones, realizadas según los criterios más avanzados y con el soporte sistemático de investigaciones científicas de parte del Laboratorio de diagnóstico para la conservación y la restauración de los Museos, son fuente de continuos descubrimientos y representan un estímulo para ahondar en las investigaciones. El proyecto ya se encuentra en un estado de realización avanzado, entre otras cosas gracias a la generosa contribución de los Patrons of the Arts in the Vatican Museums. El Departamento, al mismo tiempo, está desarrollando proyectos de restauración en las zonas extraterritoriales, como los que conciernen a los mosaicos del Baptisterio de San Juan de Letrán y de la cercana “gran hornacina” del Triclinium Leonium, que formaba parte del Patriarchium altomedieval; en el ya mencionado yacimiento arqueológico de San Pablo Extramuros, acuerdos entre numerosas instituciones han permitido poner en marcha un proyecto de mantenimiento a largo plazo de los restos arqueológicos, con el soporte de intervenciones de monitorización por parte de la Oficina del Conservador de los Museos Vaticanos.

En el plano de la valoración, se está procediendo a la realización de la nueva didáctica museística del Museo Pío Cristiano, que prevé también —con carácter experimental— la instalación de aparatos multimedia para la presentación de algunas obras especialmente relevantes. Al mismo tiempo, se está procediendo a racionalizar algunos aspectos del montaje museístico, para dar relevancia a obras que anteriormente no se exponían al público. Por otra parte, se ha integrado en el Museo un itinerario «táctil» para invidentes, nuevamente con la aportación de los Patrons of the Arts in the Vatican Museums. En breve, se pondrá en marcha un amplio proyecto que prevé una nueva disposición del Lapidario Hebreo, al cuidado de Ivan Di Stefano Manzella, que reordenará —añadiendo una leyenda— ciento cincuenta inscripciones sepulcrales hebreas, la mayor parte de las cuales provenientes de la catacumba de Monteverde en Roma. Un próximo proyecto abordará el nuevo montaje y la exposición al público del Lapidario Cristiano, con su más de dos mil inscripciones, actualmente conservadas en su mayor parte en depósitos. En la zona extraterritorial de San Pablo Extramuros, el Departamento ha realizado, en colaboración con el Instituto Pontificio de Arqueología Cristiana, el montaje y la apertura al público del yacimiento arqueológico altomedieval, sacado a la luz gracias a los estudios arqueológicos.