El 18 de octubre de 2019 el Papa Francisco visitó el Museo Etnológico Anima Mundi acabado de reformar.
El Santo Padre recordó la misión del Museo: dar cabida al espíritu de cada una de las culturas. Reforzó su identidad, al definir el Museo Anima Mundi una «casa viva, habitada y abierta a todos, con sus puertas abiertas de par en par a los pueblos del mundo entero». Mediante «la belleza y el arte» que alberga esta casa, expuesto de modo «transparente», se recuerda «a todos el valor de la armonía y la paz entre los pueblos y las naciones», haciendo «resonar la voz de Dios».

Actualmente el Museo Etnológico Anima Mundi alberga más de 80.000 objetos y obras de arte. La colección es muy diversa: temporalmente se va de las miles de piezas prehistóricas que se remontan a hace más de dos millones de años, hasta llegar a las donaciones del Pontífice actual; geográficamente se cubren las culturas de todos los continentes —Australia y Oceanía, África, Asia, Europa y las Américas—, incluida una preciosa colección de piezas de las civilizaciones precolombinas.
La historia del Museo inicia en 1691, con el envío de algunos regalos desde las Américas para el papa Inocencio XII. En los siglos sucesivos sigue enriqueciéndose con la colección del cardenal Stefano Borgia (1731-1804), estudioso apasionado de «curiosidades exóticas», y desde 1804 con la del Museo Borgia de Propaganda Fide, al cual llegaban los objetos enviados desde las misiones católicas esparcidas por todo el mundo. Este núcleo original confluyó después en el Museo Misionero Etnológico, instituido en 1926 por el papa Pío XI y cuya sede era el Palacio de Letrán. Efectivamente, el papa Pío XI no quiso que se disiparan los frutos positivos de la Exposición Vaticana, que él mismo había organizado con ocasión del Año Santo de 1925, a fin de dar a conocer las tradiciones culturales, artísticas y espirituales de todos los pueblos del mundo. El gran éxito de la Exposición, que mostró a más de un millón de visitantes más de 100.000 objetos y obras de arte, convenció al Pontífice a transformar el evento temporal en un Museo, cuyo organizador y primer director fue el padre Wilhelm Schmidt (1868-1954), el etnólogo católico más famoso del siglo XX.

El Museo Misionero Etnológico se encontraba en el Palacio de Letrán hasta su traslado a la sede actual, en el interior de los Museos Vaticanos, inaugurada en 1973, durante el pontificado de Pablo VI.
Actualmente el Museo Etnológico Anima Mundi está reformando gradualmente sus ambientes y su montaje con la intención precisa de exponer su colección mediante un diálogo transparente y sincero con las diferentes comunidades de origen que, a partir del siglo XVII han enviado regalos a los Pontífices. La finalidad es dar vida a una acción de re-conexión, que dé «voz» a todos los pueblos, en espíritu de diálogo constructivo, amistad y respeto.