Le Département s’engage principalement à suivre les recherches, la conservation et la mise en valeur didactique du patrimoine dont il a la compétence.
Les recherches, menées en collaboration avec les collègues des autres Départements et des différentes institutions vaticanes et externes, ont pour objectif, à court terme, de publier des guides-catalogues mis à jour du Musée Pie chrétien (par U. Utro et A. Vella) et du Musée lapidaire juif (par I. Di Stefano Manzella, consultant du Département des Collections épigraphiques), ainsi qu’une monographie consacrée à la collection de sculptures du haut Moyen Âge (par A. Ballardini, Università di Roma Tre).
À Saint-Paul-hors-les-murs, une étude archéologique approfondie menée par les Musées du Vatican sur le terrain de l’ancien Jardin des Moines (en collaboration avec l’Institut pontifical d’Archéologie chrétienne) a permis de découvrir d’importants vestiges du monastère du haut Moyen Âge et du portique monumental qui menait les pèlerins à l’entrée de la basilique. D’autres contributions préliminaires sur les recherches en cours sont parues dans des revues spécialisées et sont périodiquement objet de divulgation dans le cadre de rencontres et d’expositions au sein des Musées du Vatican.

En ce qui concerne la conservation, soulignons tout d’abord le projet de restauration intégrale des œuvres du Musée Pie chrétien (sculptures, copies du XIX^e siècle des peintures de cimetières, moulages de mosaïques en plâtre peint) : les restaurations, menées selon les critères les plus avancés et soutenus systématiquement par des études scientifiques faites par le Laboratoire d'analyses pour la conservation et la restauration des Musées, sont une source permanente  de découvertes et d’invitations à approfondir ces recherches. Ce projet se situe à un stade d’avancement proche de la réalisation, grâce notamment à l’aide généreuse des Patrons of the Arts in the Vatican Museums. Le Département s’occupe simultanément de projets de restauration en cours dans les zones extraterritoriales, comme celles sur les mosaïques du Baptistère du Latran et de la « grande niche » toute proche du Triclinium du pape Léon, qui faisait partie autrefois du Patriarcat du haut Moyen Âge ; sur le site archéologique déjà mentionné de Saint-Paul-hors-les-murs, des accords signés avec plusieurs institutions ont permis de lancer un projet d’entretien à long terme des vestiges archéologiques, soutenu par les monitorages du Bureau du Conservateur des Musées du Vatican.

Au sujet de la mise en valeur, on procède à la réalisation de la nouvelle didactique muséale du Musée Pie chrétien, qui prévoit d’installer, sous forme expérimentale, des appareils multimédiaux pour présenter quelques œuvres particulièrement importantes. Simultanément, on procède à la rationalisation de l’aménagement muséal, pour mettre en valeur des œuvres qui n’étaient pas exposées au public jusqu’ici. Un parcours « tactile » pour les non-voyants a aussi été mis en place au sein du Musée, grâce au soutien des Patrons of the Arts in the Vatican Museums. Il est prévu, à court terme, de revoir l’aménagement du Musée lapidaire juif, dont s’occupe Ivan Di Stefano Manzella, qui suppose la mise en ordre et de la pose de cartels descriptifs de quelque cent cinquante inscriptions de tombeaux juifs, dont la plupart proviennent de la catacombe de Monteverde à Rome. Un autre projet sera mené sur le réaménagement et l’exposition au public du Musée lapidaire chrétien, qui compte plus de deux mille inscriptions, conservées actuellement pour la plupart dans les dépôts. Dans la zone extraterritoriale de Saint-Paul-hors-les-murs, le Département a suivi, en collaboration avec l’Institut pontifical biblique d’Archéologie chrétienne, l’aménagement et l’ouverture au public du site archéologique du haut Moyen Âge, découvert lors des fouilles archéologiques.