Le Département participe à de nombreuses activités de conservation et de mise en valeur des antiquités de l’époque pharaonique et copte, ainsi que du Proche-Orient antique, mais aussi d’un groupe d’œuvres islamiques. L’étude de ce matériel et de son histoire sur le plan des collections et de la muséologie est l’activité principale car elle vise à une connaissance profonde de ses possessions. C’est dans cette perspective que s’insèrent aussi les échanges avec de nombreux chercheurs extérieurs, qui sont souvent en visite pour étudier le matériel. Les fonctionnaires du Département organisent et participent à des colloques et des journées d’études pour promouvoir un dialogue vivant avec la communauté scientifique et pour une mise à jour constante.

La conservation des œuvres demande un monitorage qui scande aussi le rythme des travaux de restauration nécessaires, dont la direction scientifique est confiée au Département. Les restaurations permettent d’étudier l’œuvre dans toute sa complexité, grâce à la synergie avec le Laboratoire de Restauration, compétent ainsi qu’avec le Laboratoire d’analyses pour la conservation et la restauration. Par ailleurs, l’adaptation des aménagements contribue au projet de prévention et de conservation adéquate du matériel exposé dans le musée et conservé dans les dépôts. Les résultats et les recherches sont publiés d’abord dans le Bollettino dei Musei Vaticani et les catalogues du Département, ainsi que dans des revues spécialisées en la matière. La collaboration active et constante avec le Bureau Activités pédagogiques permet de toucher le jeune public qui se rend aux Musées. Le Département a aussi conçu, édité et publié un catalogue du Musée Grégorien égyptien consacré précisément aux jeunes, pour les sensibiliser à la culture matérielle et les rapprocher de la civilisation égyptienne.

Le Département coordonne différents projets de recherche interdisciplinaire, auxquels participent des institutions internationales et des chercheurs spécialisés, pour l’étude d’importants groupes d’œuvres de la collection :

• « Vatican Coffin Project », coordonné par le Département, avec le Laboratoire d’analyses pour la conservation et la restauration des Musées du Vatican, étudie ce qu’on appelle les « sarcophages jaunes » datés de la Troisième Période intermédiaire.
  Participent à ce projet : le Musée du Louvre de Paris, le Rijksmuseum van Oudheden de Leyden, le Museo Egizio de Turin, le Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France (C2RMF), le Centre de Recherche et de Restauration La Venaria Reale de Turin, Xylodata de Paris.
  Un cycle de conférences internationales sur ce sujet a été lancé par les Musées du Vatican , intitulé Vatican Coffin Conference (VCC), il en est à sa deuxième édition : 1 VCC (19-22 juin 2013) ; 2 VCC (6-9 juin 2017).
  
  
• « Vatican Mummy Project » pour l’étude et la conservation des momies humaines et animales de la collection.
  Le Département, qui collabore sans cesse avec le Laboratoire de restauration des tapisseries et des tissus, avec le Laboratoire de Restauration du papier et avec le Laboratoire de Diagnostic pour la Conservation et la Restauration des Musées du Vatican, a été aidé au fil du temps par de nombreuses institutions et figures professionnelles selon les différentes thématiques abordées : l’Istituto di Mummiologia et l’Iceman (EURAC) de Bolzano, le Département de Biologie de l’Université de Pise, le Département des bio-images et des sciences radiologiques du complexe intégré Columbus de l’Università Cattolica S. Cuore de Rome, le Poznan Radiocarbon Laboratory, le Département de sciences biomédicales et d'images morphologiques de l'Université de Messine, le mouleur Andrea Felice (Laboratoire de restauration des matériaux en pierre, Musées du Vatican), la radiologue Stephanie Panzer (Unfallklinik Murnau), le paléo-anthropologue Dario Piombino-Mascali (Vilnius University), la restauratrice de tissus Cinzia Oliva.
  
  
• « Projet Orazio Marucchi » pour l’étude, la publication du catalogue et la conservation de toute la collection des papyrus hiératiques et démotiques.
  Participent à ce projet : le Laboratoire de restauration du papier des Musées du Vatican, les papyrologues Florence Albert (Institut Français d’Archéologie Orientale, Le Caire), François Herbin (CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique) et Juan José Archidona Ramírez (University of Leyden).
  
  
• « Projet Sekhmet » pour l’étude et la conservation des statues de la déesse Sekhmet, qui datent du règne d’Amenhotep III.
  Participent à ce projet : le Laboratoire d’analyses pour la conservation et la restauration des Musées du Vatican, le Museo Egizio de Turin, le restaurateur Emiliano Ricchi.
  Le Département collabore aussi sur le site archéologique de Kom el-Hettan (Thèbes Ouest, Louxor) au « The Colossi of Memnon and Amenhotep III Temple Conservation Project », dirigé par l’égyptologue Hourig Sourouzian, pour la réalisation d’un « Musée Sekhmet » tant sur le site que virtuel (qui rassemble les statues Sekhmet dispersées de par le monde).
  
  
• « Bab el-Gasus Project ». Le Département participe au projet international pour la reconstruction du contexte d’origine de ce qu’on appelle la « cachette des sarcophages de Bab el-Gasus » (Thèbes Ouest, Louxor). Dirigé par l’égyptologue Rogerio Sousa (Universidade de Coimbra), y collaborent : University of Leyden, Rijksmuseum van Oudheden de Leyden, Musée du Louvre de Paris, University of California Los Angeles (UCLA), Musées Royaux des Beaux-Arts de Bruxelles.