Le Département des Collections historiques a été créé en septembre 2013, suite au Rescriptum ex Audientia de Sa Sainteté le pape François, qui établissait la fermeture du Musée historique du Latran – dont le dernier commissaire avait été Monseigneur Pietro Amato – et la restitution de ces lieux au Vicariat de Rome.
Actuellement font partie du Département des Collections historiques le Pavillon des Carrosses, la Galerie des Portraits de Papes, l’Armurerie d’Urbain VIII et l’Armurerie de la Gendarmerie, une partie de l’ameublement des trois Sacrés Palais apostoliques, ainsi qu’une riche collection de dons, de souvenirs, de costumes et de décorations de l’ancienne Cour pontificale.

C’est le pape Paul VI qui a souhaité la création du Pavillon des Carrosses en 1973 et celui-ci a été entièrement rénové dès 2013. Il renferme une série de témoignages historiques de la mobilité pontificale. On passe donc des Carrosses de Cérémonie ou « protocolaires » à deux berlines de voyage historiques, liées à la République Romaine et à la prise de Rome en 1870. Outre les harnachements pour chevaux, les chaises à porteurs et les vêtements de cérémonie, la collection compte aussi dix « papamobiles », y compris la Renault 4 du pape François.
La Galerie des Portraits de Papes a été aménagée en 2015 dans le Palais apostolique de Castel Gandolfo, après que le pape François ait décidé d’ouvrir au public les Villas et la Résidence d’été. Ici, le visiteur peut « se plonger » dans les cinq cents dernières années de l’histoire de la papauté, puisque l’exposition débute avec le pape Jules II della Rovere et s’achève avec le pape François. On peut aussi y admirer certains objets caractéristiques du cérémonial papal, comme : une sedia gestatoria avec ses flabellums (éventails en plumes N.d.T.), un faldistoire, une série d’uniformes historiques des Corps d’Armées pontificaux désormais dissous, ainsi que les parements liturgiques du pape Paul V Borghèse.
L’Armurerie d’Urbain VIII se trouve en revanche depuis 2018 dans Sala Vecchia degli Svizzeri de l’Appartement de Jules II, après avoir été logée pendant presque un siècle dans la Salle des Pontifes de l’Appartement Borgia, dans un décor historique réalisé par Ludovico Seitz. Depuis le pape Barberini, elle se présentait comme une armurerie de souvenirs du XVIe siècle et occupait les pièces dévolues actuellement au Cabinet des Estampes de la Bibliothèque apostolique vaticane. En font partie la splendide armure qui aurait appartenu à Jules II, l’armure de tournoi du Connétable Charles de Bourbon, ainsi qu’une série d’armes qui ont été utilisées lors du Sac de Rome en 1527.
L’Armurerie Historique de la Gendarmerie a été créée en 2013 dans la Caserne du « Corps de la Gendarmerie de l’État de la Cité du Vatican », constituée selon la Loi n. CCCLXXIV de 2002 en remplacement de la Gendarmerie pontificale, dissoute par Paul VI en 1970. Puisqu’elle est la seule descendante directe de tous les corps armés qui formaient l’Armée de l’État de l’Église jusqu’au 20 septembre 1870, font partie des collections de l’Armurerie Historique de la Gendarmerie aussi bien des armes lourdes, comme des bombardes et des canons des XVIIe et XVIIIe siècles, qu’une sélection d’armes « modernes », comme les mousquetons Remington offerts au pape Pie IX en 1870.

Depuis 2013, le Département des Collections historiques est dirigé par Sandro Barbagallo, qui a déjà largement contribué à mettre en valeur ce patrimoine, et continue à préserver et étudier ce qui est conservé aussi dans les dépôts.