La Fototeca è impegnata nell’ordinamento dei fototipi storici, a partire dalla definizione dei fondi fotografici per grandi aree tematiche: luoghi, chiese, monumenti, collezioni, storia e avvenimenti. Le stampe vengono inserite in buste di polipropilene e collocate in raccoglitori idonei in cartone rigido, conformi agli standard di conservazione. Si procede quindi alla catalogazione e all’informatizzazione dei dati attraverso file Excel (Fondi Roma Basiliche Maggiori, Roma Chiese, Roma Palazzi, Roma Ville, Roma Piazze, Roma Musei, Ferper).

Per quanto riguarda i negativi su vetro, dopo una prima catalogazione dello schedario storico su file Excel, tra il novembre 2016 e il marzo 2024 è stato realizzato un ampio progetto di revisione, depolveratura e messa in sicurezza di tutte le lastre custodite nei 36 armadi storici della Fototeca (circa 44.000), successivamente scansionate per renderle agevolmente consultabili.
Parallelamente è stato avviato un puntuale lavoro di catalogazione, a partire dalle schede storiche redatte negli anni Trenta del Novecento, che tuttavia si limitavano all’identificazione dell’oggetto, alla sua collocazione, al numero d’inventario ed all’eventuale numero di catalogo. Tale attività ha comportato la compilazione di file Excel, ricchi di informazioni sia sul negativo sia sul soggetto raffigurato, successivamente trasferiti in schede digitali all’interno di un database accessibile tramite il Catalogo online. Attualmente sono consultabili circa 12.200 immagini, appartenenti ai primi 13 armadi della raccolta.

Il progetto è stato presentato il 25 novembre 2021 nell’ambito della rassegna Il Giovedì dei Musei, con il titolo: “La Fototeca dei Musei Vaticani. Tecnologia e conservazione al servizio della conoscenza”.
A dicembre 2025 il catalogo è stato implementato con il primo fondo di negativi su pellicola: il Fondo A.R.M. (Arte Religiosa Moderna), costituito da 790 pellicole 6x7 riferibili al 1973, anno di ingresso delle opere nella Collezione d’Arte Religiosa Moderna.
A partire da agosto 2024 è stata avviata la digitalizzazione di circa 6.200 lastre provenienti dai depositi, materiale inedito e prezioso, e delle 2.000 lastre del Fondo Busiri Vici, completata a ottobre 2025. Negli ultimi mesi dello stesso anno è stata inoltre avviata la scansione delle pellicole A.D., documentazione relativa alla raccolta di Arti Decorative, costituitasi a partire da ottobre 1999 con il trasferimento di giurisdizione degli oggetti dalla Biblioteca Apostolica Vaticana ai Musei Vaticani.