Die vielfältigen Aktivitäten und Forschungsprojekte der Abteilung für ethnologische Sammlungen zeigen, dass das Ethnologische Museum Anima Mundi ein lebendiger Ort ist. Ein Ort, der der Beziehung und dem Dialog mit indigenen Gemeinschaften besondere Aufmerksamkeit widmet und mit zahlreichen Museen zusammenarbeitet, um Vergleiche anzustellen, Forschungen durchzuführen, Ausstellungen zu organisieren und an Konferenzen teilzunehmen.
Die Untersuchung der Biografie der in der Sammlung vorhandenen (ausgestellten oder eingelagerten) Artefakte ist noch im Gang. Durchgeführt wird sie mittels Archivrecherchen, die die verschiedenen „Wege“ rekonstruieren sollen, über die diese Sammlung zustande gekommen ist.
Für die Analyse und Erstellung der wissenschaftlichen Datenblätter sowie die anschließende Übertragung in eine spezielle Datenbank, sind Spezialisten und Wissenschaftler der Vatikanischen Museen zuständig. Dank Kooperationsverträgen konnten dafür Wissenschaftler aus der ganzen Welt gewonnen werden.

Neben dieser Studie gibt es Verlagsprojekte zur Erstellung von populärwissenschaftlichen und wissenschaftlichen Katalogen, die die Sammlungen einem breiten Publikum bekanntmachen: Ethnos. Le collezioni etnologiche dei Musei Vaticani (2012), Le Americhe. Le collezioni del Museo Etnologico Vaticano (2015), Australia. La collezione indigena dei Musei Vaticani (2017), Oceania e Sudest Asiatico insulare (2022), China. A Selection of Artworks from the Vatican Museums’ Collection (2023), Antiche Americhe (2023).

Zu den Aktivitäten der Abteilung gehört das von Pater Nicola Mapelli seit 2009 geförderte Projekt der erneuerten Verbindung mit Artefakten: ein Projekt, das darauf abzielt, die Geschichte der Artefakte nachzuverfolgen, die im Laufe der Jahrhunderte aus der ganzen Welt in den Vatikan gelangt sind – vor allem für die Weltmissionsausstellung von 1925 oder als Schenkungen an die Päpste.
Dank Archivrecherchen und Studien zur Artefakt-Biografie versucht die Abteilung, einen Dialog mit den Herkunftsgemeinschaften (source communities) herzustellen. Manchmal gelingt es auch, die Nachkommen derjenigen ausfindig zu machen, die sie hergestellt haben, und den Werken so durch die Bevölkerungen, aus denen sie stammen, eine Stimme zu geben.
Dialog und Zusammenarbeit sind auch das Leitmotiv der jüngsten Rückführungen von Kunstwerken, die von einem tiefen Verständnis und Respekt für die verschiedenen Kulturen in unserer Umgebung zeugen. So wurde am 16. Dezember 2017 in Anwesenheit des ecuadorianischen Präsidenten Lenin Boltaire Moreno Garcés und der Museumsleitung eine Tsantsa (Schrumpfkopf) zur Rückführung nach Ecuador übergeben.

Drei antike Mumien konnten 2022 nach Peru zurückgebracht werden. Am 17. Oktober wurde in Anwesenheit von Kardinal Fernando Vérgez Alzaga, Präsident des Governatorats des Staates der Vatikanstadt, und des peruanischen Außenministers César Rodrigo Landa Arroyo ein Dokument unterzeichnet, das einen Akt formalisiert, der dem Geist der Integration zwischen den Kulturen entspricht, der dem Ethnologischen Museum Anima Mundi zugrunde liegt.
Neben der Teilnahme an zahlreichen außereuropäischen Ausstellungen mit Leihwerken aus ihrer Sammlung, hat die Abteilung auch spezifische Ausstellungen organisiert, bei denen die Artefakte in ihren Herkunftsländern ausgestellt werden konnten.
So wurde beispielsweise 2012 das in Havanna gefertigte Messbuchpult (MV. 101614) nach Kuba geschickt; 2014 wurden in Sharjah (Vereinigte Arabische Emirate) mehr als 70 islamische Artefakte ausgestellt, noch im selben Jahr koreanische katholische Werke auch nach Seoul geschickt. 2019 wurden in Peking (China) zusammen mit prestigeträchtigen Objekten aus der Sammlung der Verbotenen Stadt einige der repräsentativsten chinesischen Kunstwerke des Museums ausgestellt – und 2023 konnte der Wampum-Gürtel (MV. 107525) in seine Heimat Montreal (Kanada) zurückkehren.
2017 wurde im „Braccio di Carlo Magno“ die erste koreanische Ausstellung im Vatikan eröffnet: Come in Cielo così in Terra. Seoul e i 230 anni della Chiesa Cattolica in Corea [Wie im Himmel so auf Erden. Seoul und 230 Jahre katholische Kirche in Korea].
Im Jahr 2019 konnte – neben der Einweihung des ständigen Ausstellungsbereichs „Ozeanien“ – im neuen Ethnologischen Museum Anima Mundi – auch die Ausstellung Mater Amazonia. The deep breath of the world eingerichtet werden.
2022 wurden die Bereiche „Amerika“ und „Afrika“ dauerhaft eröffnet.
Derzeit konzentriert sich die Haupttätigkeit der Abteilung für ethnologische Sammlungen, die von zahlreichen, an den Sammlungen interessierten Wissenschaftlern und Forschern konsultiert wird, auf folgende Projekte: die Fertigstellung des ständigen Ausstellungsbereichs „Asien“ und den neuen Eingang zum Ethnologischen Museum und zur Wunderkammer.