El Departamento se ocupa de la protección y la conservación del patrimonio epigráfico promoviendo su valoración y documentación e impulsando su estudio científico, cometidos institucionales que lleva a cabo mediante restauraciones específicas, nuevos montajes, exposiciones y publicaciones.

En lo que concierne a los montajes se señala: en 1981 el Lapidario Profano ex Lateranense, que más tarde se amplió con un sector de Urnas, Cipos, Aras, Sarcófagos y con un área externa; en 1985 el Lapidario Hebreo. Se acomodaron también los depósitos Fístulas (1982), Equites singulares (1986), Sellos latericios (1989-1995) y Marcas de cantera y en pesos. Otros montajes: sector Necrópolis de Tor Sapienza en el Museo Gregoriano Profano, Lapidario Medieval y Moderno, sector Urnas, Cipos y Árulas. Nuevos montajes conciernen al Lapidario Medieval (antes Medieval y Moderno) y las inscripciones de los Fratres Arvales. Se remonta a 2002-2003 la musealización de las inscripciones de las excavaciones de la Necrópolis de la Vía Triumphalis (Plaza de S. Rosa). En el área extraterritorial se señala el Antiquarium de las excavaciones en San Juan de Letrán (1998-1999).
Es intensa, por otra parte, la actividad editorial, que comprende los 6 volúmenes de la colección Inscriptiones Sanctae Sedis ideada por el Profesor Ivan Di Stefano Manzella y que se inició en 1995 con el Index Inscriptionum Musei Vaticani. 1. Ambulacrum Iulianum sive “Galería Lapidaria”. Es de 1997 el catálogo de la exposición Las inscripciones de los cristianos en el Vaticano, primera experiencia de este tipo en la historia de los Museos Vaticanos. A los epígrafes de los cristianos está dedicado también el cuarto volumen (2000), mientras que el tercero (1998), el quinto (2009) y el sexto (2010) son sobre la colección de San Pablo Extramuros. El último trata de la colección del Cardenal De Zelada. A estas monografías se añaden las aportaciones publicadas en el Bollettino de los Museos y en otras sedes editoriales. Un libro de corte divulgativo describe la arquitectura y la colección arqueológica del Claustro de San Pablo. Están previstos otros proyectos editoriales relativos a la Galería Lapidaria, el Lapidario Profano ex Lateranense, la Necrópolis de la Vía Triumphalis y la colección de San Pablo. Está programada una ampliación de los soportes didácticos.

Asimismo cabe mencionar que han aumentado tanto la documentación fotográfica como las iniciativas en el campo de la informática aplicada a la epigrafía. Es fundamental la base de datos informatizada SIDERA, concebida como sección especializada del Inventario General de los Museos. Actualmente está en línea sólo para uso interno, en espera de ser desarrollada y potenciada. El Departamento colabora con el Inventario para el proyecto Catálogo online.