Las actividades y los proyectos de investigación del Departamento de colecciones etnológicas son múltiples y atestiguan que el Museo Etnológico Anima Mundi es un lugar vivo, con especial atención a la relación y el diálogo con las comunidades indígenas. El Departamento mantiene colaboraciones con numerosos museos para el intercambio de conocimientos, investigaciones, organización de exposiciones y participación en congresos.
El estudio de la biografía de los objetos presentes en la colección (tanto los expuestos como los almacenados) sigue en curso y se realiza mediante investigaciones de archivo, con el fin de reconstruir los distintos “caminos” que llevaron a la formación de la colección.
El análisis y la redacción de las fichas científicas, posteriormente integradas en una base de datos específica, están a cargo de especialistas de diversas áreas, investigadores de los Museos Vaticanos y, gracias a convenios de colaboración, también de expertos internacionales.

Este estudio se complementa con proyectos editoriales destinados a la publicación de catálogos divulgativos y científicos que son una referencia para el conocimiento de las colecciones: Ethnos. Le collezioni etnologiche dei Musei Vaticani [Ethnos. Las colecciones etnológicas de los Museos Vaticanos] (2012), Le Americhe. Le collezioni del Museo Etnologico Vaticano [Las Américas. Las colecciones del Museo Etnológico Vaticano] (2015), Australia. La collezione indigena dei Musei Vaticani [Australia. La colección indígena de los Museos Vaticanos] (2017), Oceania e Sudest Asiatico insulare [Oceanía y el Sudeste Asiático Insular] (2022), China. A Selection of Artworks from the Vatican Museums’ Collection (2023) y Antiche Americhe [Antiguas Américas] (2023).

Entre las actividades del Departamento se encuentra el proyecto de re-conexión, promovido por el padre Nicola Mapelli desde 2009, con el objetivo de trazar la historia de los objetos llegados al Vaticano desde todo el mundo a lo largo de los siglos, principalmente para la Exposición Misionera de 1925 o como obsequios a los pontífices.
Gracias a investigaciones de archivo y estudios sobre la biografía de las obras, el Departamento busca establecer un diálogo con las comunidades de origen (source communities), logrando, en algunos casos, localizar a los descendientes de quienes las crearon, devolviendo así la voz a las obras a través de sus comunidades originarias.
El diálogo y la colaboración también han guiado los recientes procesos de restitución de obras, reflejando una profunda comprensión y respeto hacia las diversas culturas que nos rodean. El 16 de diciembre de 2017, en presencia del presidente de Ecuador, Lenín Boltaire Moreno Garcés, y la Dirección de los Museos Vaticanos, se entregó una tsantsa (cabeza trofeo) para su retorno a Ecuador.
En el 2022, tres antiguas momias fueron repatriadas a Perú. El 17 de octubre de ese año se firmó un documento que formalizó este acto, en consonancia con el espíritu de integración cultural en el que se fundamenta el Museo Etnológico Anima Mundi. La ceremonia contó con la presencia del cardenal Fernando Vérgez Alzaga, presidente de la Gobernación del Estado de la Ciudad del Vaticano, y del ministro de Asuntos Exteriores de Perú, César Rodrigo Landa Arroyo.

Además de participar en numerosas exposiciones fuera de Europa con su colección, el Departamento ha organizado exposiciones específicas en las que las obras fueron protagonistas en sus países de origen.
Por ejemplo, en 2012, en La Habana (Cuba), se envió el atril para misal (MV. 101614) realizado en ese lugar; en 2014, en Sharjah (Emiratos Árabes Unidos), se expusieron más de 70 objetos islámicos; ese mismo año, se enviaron obras católicas coreanas a Seúl; y en 2019, en Pekín (China), junto con prestigiosas piezas de la colección de la Ciudad Prohibida, se mostraron algunas de las expresiones artísticas chinas más representativas del Museo. Por último, en 2023, en Montreal (Canadá), regresó el cinturón wampum (MV. 107525).
En 2017, en la Sala de Carlo Magno, se inauguró la primera exposición coreana en el Vaticano: Como en el cielo, así en la tierra. Seúl y los 230 años de la Iglesia Católica en Corea.
En 2019, además de la inauguración del área expositiva permanente “Oceanía”, se presentó en el nuevo Museo Etnológico Anima Mundi la exposición Mater Amazonia. The deep breath of the world (El aliento profundo del mundo).
En el 2022 se abrieron de forma permanente las áreas de exposición “Américas” y “África”.
Actualmente, la actividad principal del Departamento de colecciones etnológicas, además de recibir a numerosos estudiosos e investigadores interesados en sus colecciones, se centra en los siguientes proyectos: la finalización del área expositiva permanente “Asia” y la creación tanto de la nueva entrada del Museo Etnológico como de la Wunderkammer.