Les Musées du Vatican sont un trésor à découvrir de façon active et créative, vu l’extraordinaire richesse et la variété de ses collections qui couvrent toute l’histoire de l’humanité, depuis les Égyptiens anciens et les Étrusques jusqu’aux Grecs et aux Romains, du Moyen Âge à la Renaissance et jusqu’à nos jours. Cet aspect permet une palette d’activités éducatives qui peuvent interagir et s’adapter aux exigences des programmes scolaires officiels.
Parmi les initiatives de la section pédagogique, signalons la collaboration avec l'Académie des Beaux-Arts de Rome pour la réalisation du projet Dessiner dans les Musées, et le partenariat avec l'Association nationale Enseignants d’Histoire de l’art pour l’organisation de séminaires de formation pour enseignants dans les Musées du Pape.
Depuis 2015, grâce à l’ouverture exceptionnelle des Villas pontificales de Castel Gandolfo, le Palais Papal devient, pour la première fois dans l’histoire, accessible aussi aux écoles primaires et secondaires de premier et deuxième niveau : elles pourront ainsi visiter, avec l’aide précieuse d’un audioguide multilingue, les Collections Historiques, l’Appartement Papale, le Jardin Secret, le Jardin du More, ainsi que les expositions qui seront organisées dans les pièces muséalisées du Palais. Lors de visites guidées spéciales combinées, les étudiants pourront aussi visiter la Specola Vaticana (l’observatoire astronomique du Pape) et l’Antiquarium de la Villa Barberini.